무고한 [15] 대학생을 고문해서 죽이고도 모자라, 진실을 은폐하고 사건을 조작하려고 했다는 사실에 일반인조차 분노에 들끓었고, 따라서 도덕성에 치명적인 타격을 받은 전두환 정권은 노신영 국무총리 , 장세동 국가안전기획부 장, 정호용 내무부장관 [16] , 김성기 법무부장관, 서동권 검찰총장, 이영창 치안본부장 등 관계자기관장 전원을 '문책 인사' 형태로 경질하는 개각까지 단행하기에 이르지만 이미 때는 늦은 뒤였다. 이후 6월 항쟁 이 발발, 제5공화국 은 그 명을 끝마치게 된다.

하지만 당시 경질된 고위인사들은 지금까지도 호의호식한다. 김성기 법무장관은 대한법률구조공단 이사장, 주택은행 이사장으로 출세했다. 사건 은폐축소를 시도했던 정구영 검사장은 노태우 정권에서 검찰총장이 되었고, 이를 진두지휘했던 서동권 검찰총장은 안기부장으로 3년 6개월간 재직하면서 정권의 2인자 역할을 하였다. 정호용 도 13대, 14대 모두 대구광역시 에서 국회의원으로 당선돼서 정치활동을 이어갔다. 이영창 치안본부장도 제14대 국회의원 총선거에서 민주자유당 후보로 경북 경산-청도에서 당선되었다.

박처원 치안감은 같이 구속된 강민창 치안본부장과 함께 항소심에서 무죄 판결을 받았다가 대법원에서 집행유예 판결을 받고 출소한 후에 고문경찰관들의 대부 역할을 하면서 이근안 의 은신도피를 지원했다. 물론 진심 어린 사죄는 조금도 없었다. 고문치사사건의 담당검사였던 박상옥 은 2015년 현재 대법관 후보자로 내정되었고 현재 대법관에 임명되었다. 결국 박종철 군 사건으로 타격을 입은 건 말단 경찰관들 몇 명뿐이다. 그 경찰관 다섯마저도 징역 3~10년형을 선고받았으나 3년 만기부터 최고 7년 3개월의 감옥살이를 마치고 가석방되었다. 그러나 1998년 6월 8일 MBC 뉴스데스크 보도에서 그 문제의 경찰 세 명이 경찰 산하 기관에 취직한 것으로 밝혀져 논란이 일었다.

박종운 : 박종철이 고문당하고 죽은 이유가 된 운동권 선배 박종운은 변절하면서 2000년에 한나라당 에 입당해 경기도 부천시 오정구 지구당위원장이 되었다. 이후 16대`18대 총선에서 내리 연속으로 3연패를 하면서 [19] "오정의 낙선왕"이라는 야유를 듣고 정계를 떠난다. # 그 후 극우 언론사 미디어펜 의 논설위원이 되었다. # # 그러나 매년 박종철 열사의 기일(1월 14일)과 생일(4월 1일) 때가 되면 그가 묻혀 있는 마석 모란공원을 찾는다고 한다.

오현규 : 박종운에 가려져서 제대로 알려져 있지 않지만, 이 항목 최상단의 두 번째 사진에서 고인의 영정을 들고 있는 사람은 박종철의 후배로 당시 서울대 정치학과 3학년이었던 오현규다. 그 역시 변절자 소리를 듣고 있다. 그는 제4회 전국동시지방선거 에서 한나라당 공천을 받고 해운대구의원에 당선되었다. #

금창태 : 정권의 외압에도 불구하고 뚝심있게 최초 보도를 내보내서 사건을 세상에 알렸던 그는 1999년부터 홍석현 회장 아래서 사장 등을 지내다가 2001년에 중앙일보를 퇴사하고, 시사저널 사장으로 취임했다. 그러나, 일선 기자들에게 삼성그룹 을 비판하는 기사를 쓰지 말라는 압력을 가하고, 결국은 기사를 일방적으로 삭제하는 폭거를 저질러서 시사저널 기자단 전원이 파업하는 사상 초유의 '시사저널 사태'를 촉발시켰다. 자세한 내용은 시사in 항목 참조.